ระหว่างปี 2540 – 2548 นับเป็นช่วงที่พื้นที่ภาคใต้ของประเทศไทย ถูกภัยธรรมชาติสร้างความเสียหายอยู่ตลอด ด้วย พระมหากรุณาธิคุณ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชบรมนาถบพิตร ทรงมีพระราชกระแสรับสั่งให้กรม ชลประทาน หาวิธีแก้ไขปัญหาเรื่องการบริหารจัดการน้ำ กระทั่งบรรเทาความทุกข์ผ่านพ้นไปหลายครั้งหลายครา ซึ่งลำดับเหตุการณ์สำคัญ ดังนี้

เดือนสิงหาคม ปี 2540 นับเป็นปีที่เกิดพายุไต้ฝุ่น “ซีต้า” สร้างความเสียหายร้ายแรงให้กับจังหวัดชุมพรอย่างไม่เคยปรากฏมาก่อน ในวันที่ 2 ตุลาคม ปี 2540 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดชบรมนาถบพิตร มีพระราชกระแสรับสั่งให้ กรม ชลประทาน เร่งการขุดคลองระบายน้ำ “หัววัง - พนังตัก” ที่กำลังดำเนินการค้างอยู่ เพราะ ผู้รับเหมาขาดสภาพคล่องให้เสร็จภายใน 30 วัน โดยได้รับการให้ยืมเงินจาก มูลนิธิชัยพัฒนามาเพื่อดำเนินการ ซึ่งกรมชลประทานได้ระดมเครื่องจักรเครื่องมือต่างๆ มาดำเนินการก่อสร้างจนแล้วเสร็จในวันที่ 4 พฤศจิกายน 2540 32 วัน นับจากวันที่มีพระราชกระแสรับสั่ง “พายุลินดา” ได้เข้าจังหวัดชุมพรอีกครั้ง หากแต่คลองระบายน้ำหัววัง - พนังตักที่เพิ่งขุดเสร็จได้ไม่นาน ได้ช่วยระบายน้ำ ปริมาณมากที่ไหลบ่ามายังจังหวัดชุมพรไหลลงทะเลได้อย่างเต็มประสิทธิภาพซึ่งนับตั้งแต่นั้นมา ยังไม่ปรากฏเหตุการณ์น้ำท่วมรุนแรงในจังหวัดชุมพรอีกเลย วันที่ 21 - 23 พฤศจิกายน ปี 2543 ได้เกิดฝนตกหนัก 3 วัน3 คืนทำให้น้ำจากเขตเทือกเขาสันกาลาคีรีบริเวณพรมแดนระหว่างประเทศไทยกับประเทศมาเลเซียไหล่บ่าเข้าท่วมตัวเมืองหาดใหญ่ จังหวัดสงขลาอย่างรวดเร็วถือเป็นเหตุการณ์ภัยพิบัติน้ำท่วมครั้งเลวร้ายที่สุดที่เกิดขึ้น รวมมูลค่าความเสียหายมากกว่า 10,000 ล้านบาท ต่อมาวันที่ 13 - 20 ธันวาคม 2548 เกิดอุทกภัยซ้ำอีกครั้งในพื้นที่ 16 อำเภอของจังหวัดสงขลา ถึงแม้จะไม่รุนแรงเท่าปี 2543 แต่ก็มีได้รับผลกระทบจำนวนมาก พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ได้พระราชทานพระราชดำริให้กรมชลประทาน ร่วมกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องบริหารจัดการน้ำ 3 แนวทาง ได้แก่ พื้นที่ต้นน้ำ ให้บริหารจัดการน้ำ ในอ่างเก็บน้ำ คลองสะเดา อ่างเก็บน้ำคลองหลา และ อ่างเก็บน้ำคลองจำไหร รวมความจุ 84.161 ล้านลูกบาศก์เมตรพื้นที่กลางน้ำ บริหารจัดการน้ำโดยให้ปริมาณน้ำในคลองอู่ตะเภาไหลผ่านตัวเมืองหาดใหญ่ไม่เกิน 465 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ส่วนปริมาณน้ำที่เหลือ ผันอ้อมเมืองหาดใหญ่ลงคลองระบายน้ำ ร.1 ออกทะเลสาบสงขลา ส่วนพื้นที่ปลายน้ำ ให้เร่งระบายน้ำลงทะเลสาบสงขลา ผ่านคลองธรรมชาติสายหลักและสายรองที่ทำการขุดลอกแล้ว 25 สาย จนสามารถผ่านพ้นอุทกภัยมาได้สำเร็จ